Het Verwey-Jonker Instituut doet ook aan instrumentontwikkeling voor beleid en uitvoering. Op basis van nauwkeurige diagnoses van behoeften, problemen en kansen ontwikkelen wij in nauwe samenspraak met de opdrachtgever instrumenten, die organisaties vervolgens zelf inzetten ter verbetering van hun praktijk. Het gaat hier om maatwerk, bijvoorbeeld rond jeugdparticipatie (Be Involved, PAja!], re-integratie, problemen in de school (Connect), veiligheidscans en samenwerkingsmodellen.